เกมของโทโฮโปรเจกต์ห้าเกมแรกถูกสร้างขึ้นมาสำหรับเครื่องคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคลตระกูล PC-9801 ผู้ใช้เครื่องพีซีสามารถเล่นเกมเหล่านี้ได้โดยใช้โปรแกรมจำลองการทำงานของเครื่อง PC-98เกมในชุดนี้จัดจำหน่ายระหว่างปี พ.ศ. 2539 ถึง พ.ศ. 2541 ซึ่งเป็นช่วงที่เครื่อง PC-98 กำลังเสื่อมความนิยมลง ดังนั้นเกมจึงไม่ค่อยได้รับนิยมในหมู่นักเล่นเกมเท่าไหร่นัก ผู้สร้างเกมใช้ชื่อ Zun Soft เป็นชื่อเซอร์เคิลเวลาจำหน่ายเกมในงานคอมิเก็ต

โทโฮเรย์อิเด็น (東方靈異伝　～ Highly Responsive to Prayers)

จัดจำหน่ายเมื่อ พ.ศ. 2539 เป็นเกมเลียนแบบอาร์คานอยด์ ผู้เล่นเกมสวมบทบาทเป็น เรย์มุ ฮาคุเรย์ ซึ่งเป็นตัวเอกของเกมทุกภาค

โทโฮฟูวมะโรคุ (東方封魔録 ～ Story of Eastern Wonderland)

จัดจำหนายในงานคอมมิคมาเก็ต ฤดูร้อน พ.ศ. 2540 เป็นเกมชูตติ้งสองมิติแนวตั้งเกมแรกในโทโฮโปรเจกต์ มาริสะ คิริซาเมะ ตัวละครหลักอีกตัวของเรื่องปรากฏตัวเป็นครั้งแรกในเกมนี้ ในฐานะรองหัวหน้าใหญ่

โทโฮมุจิคู (東方夢時空　～ Phantasmagoria of Dim.Dream)

จัดจำหนายในงานคอมมิคมาเก็ต ฤดูหนาว พ.ศ. 2540 เป็นเกมชูตติ้งสองมิติแบบต่อสู้ที่ผู้เล่นสองคนแข่งกันเอาชีวิตรอดจากกำแพงลูกกระสุนคล้ายกับ ทวิงเกิล สตาร์ สไปรท์ส

โทโฮเก็นโซเคียว (東方幻想郷　～ Lotus Land Story)

จัดจำหนายในงานคอมมิคมาเก็ต ฤดูร้อน พ.ศ. 2541 เป็นเกมชูตติ้งสองมิติแนวตั้งเหมือนภาคที่สอง มีการเพิ่มการทำให้ตัวละครเคลื่อนช้าลงเมื่อกดปุ่มค้าง ซึ่งเป็นกลไกของเกมที่คงมาจนถึงปัจจุบัน

โทโฮไคคิดัน (東方怪綺談　～ Mystic Square)

จัดจำหนายในงานคอมมิคมาเก็ต ฤดูร้อน พ.ศ. 2541 เป็นเกมชูตติ้งสองมิติแนวตั้งเหมือนภาคที่สองและภาคที่สี่ ในภาคนี้เพิ่มตัวละครที่ผู้เล่นสามารถเล่นได้ 2 ตัว ได้แก่ มิมะ และ ยูกะ คาซามิ ซึ่งเป็นหัวหน้าใหญ่ของโทโฮฮามาคุโรและโทโฮเก็นโซเคียวตามลำดับ